Tahun 1999 – 2003
Mubes ke 29 tahun 2000 di Istora Senayan Jakarta menghasilkan susunan pengurus Periode TAHUN 1999 – 2003. sebagai berikut:
Penasehat: Pdt.JMP.Batubara, Surabaya Pdt.M.F.Da Costa (alm), Makassar Pdt.Benyamin Manoah, Surabaya Pdt.Elly Kambey, Sul-Ut Pdt.J.R.Marey, Jakarta Pdt.M.S.J.Sibarani, Pekan Baru Pdt.C.C.E.Rombot, Jakarta Pdt.Mesakh Dawir, Papua Pdt.Berman Manurung, P.Siantar. Ketua Umum: Pdt.A.H.Mandey-Jakarta
Ketua: Pdt.DR.M.D.Wakkary- Medan
Ketua: Pdt.H.O.H.Awuy-Manado.
Ketua: Pdt. Y.K.Siwi- Palembang
Ketua: Pdt.R.Tim Kastanya-Bogor
Sekretaris Umum: Pdt.DR.W.D.Saerang-Jakarta
Sekretaris: Pdt.Soemaryanto- Malang
Sekretaris: Pdt.DR.F.Patiradjawane-Jakarta
Sekretaris: Pdt.F.Z.Assa-Temanggung
Bendahara Umum: Pdt.DR.Johnny Weol-Jakarta
Bendahara: Pdt.E.Kurniawan-Jakarta
Bendahara: Pdt.Dolfy Memah-Bali
Departemen.Penginjilan: Pdt.M.Ph.Bolang-Jakarta
Dep. Penggembalaan: Pdt.Victor Malino-Magelang
Dep. Pendidikan. & Pengajaran: Pdt.DR.L.Lapian-Kawangkoan
Dep. Pengorganisasian: Pdt.John Rompas-Sukabumi
Dep. Diakonia, Sosial & Pemb.: Pdt.Yusak Setioputro-Kudus
Dep. Pelayanan Wanita: Pdt.Ibu.M.M.Mandey- Jakarta
Dep. Pelayanan Anak-anak: Pdt.Thomas Dato-Jakarta
Dep. Pelayanan Pemuda: Pdt.H.Runtukahu-Surabaya
Dep. Pelayanan Kaum Pria: Pdt.DR.W.J.Bangguna- Palu
Dep. Pengembangan Jemaat & LN: Pdt.DR.D.A. Supit- Lampung
Dep. Hubungan External: Pdt.Yesayas Tobing, Mdiv. -Jakarta
Dep. Literatur & Media Massa: Pdt.D. Roemokoij, Mmin.- Pare.
Ketua: Pdt.H.O.H.Awuy Ketua: Pdt.Y.K.Siwi, Palembang Ketua: Pdt.R.Tim.Kastanya, Bogor
Sekt. Umum: Pdt.W.D.Saerang. Sekretaris: Pdt.Soemaryanto. Sekretaris: Pdt.DR.F.Patiradjawane. Sekretaris: Pdt.F.Z.Assa.
Bendahara Umum: Pdt.J. Weol Bendahara: Pdt.E.Kurniawan. Bendahara: Pdt.Dolfy Memah, Bali
Departemen Penginjilan: Pdt.M.PH.Bolang. —
—
Departemen Penggembalaan: Pdt.V. Malino —
—
Dept.Pendidikan & Pengajaran: Pdt.L.Lapian —
—
Dept.Diakonia,Sos.&Pemb: Pdt.Y. Setioputro —
—
Dept. Lit. & Media: Pdt.D.Roemokoij. —
—
Dept. Pengorg: Pdt.John Rompas. Dept. Peng. Jem. & LN:Pdt.D.Supit
Dept.Hub. Ext: Pdt.Yesayas Tobing Dept. Pel. Wan: Pdt.m.M.Mandey.
Dept. Pely. Anak: Pdt.Thomas Dato. Dept. Pely.Pem.: Pdt.H.Runtukahu. Dept. Pely. Pria: Pdt.W.J.Bangguna.
Komisi Penginjilan: —–
Komisi PELWAP: Pdt.M.M.Mandey.
Komisi PELNAP: Pdt Thomas Dato.
Komisi PELPAP: Pdt H.Runtukahu.
Komisi PELPRIP: Pdt W.J.Bangguna
Komisi PELPRUP: Ev.Eddy Tatimu.
Komisi PELRAP: —–
FKAHT: Pdt.L.Kairupan.

